Цитата: Но в тексте договора есть и такой пункт:3.1.Исполнитель вправе поручить исполнение своих обязательств третьим лицам, при этом возложение исполнения обязательств на третье лицо не освобождает Исполнителя от ответственности перед Заказчиком за исполнение настоящего договора.
Этот пункт не делает договор комиссионным. Исполнитель привлекает соисполнителя за свой счёт, а не за Ваш. И перед Вами он отвечает сам.
Поэтому никаких отчетом комиссионера и агентского вознаграждения между Вами быть не должно.
Чтобы договор был посредническим (агентским или комиссионным), нужно было в этом пункте указать примерно так:
"
Исполнитель может привлекать третьих лиц от своего имени, но за счет Заказчика".
У Вас в договоре этих слов нет, поэтому договор никак не посреднический.
Вы заказываете ему перевозку груза, он исполняет. Может привлечь соисполнителя.
По договору определяется стоимость перевозки. И Вы эту стоимость должны ему оплатить.
Отчитывается он перед Вами Актом оказанных услуг. И только в этом акте он может написать, кого конкретно привлекал соисполнителем. Для того, чтобы Вы могли "привязать" этот Акт и оплату по нему с Транспортной накладной, где перевозчиком указан соисполнитель.
Сразу скажу, что такое оформление перевозки обязательно привлечёт внимание налоговиков.
В отношении Вас они будут искать признаки "фиктивности" перевозки.
А в отношении Вашего "Исполнителя" обязательно посмотрят, как он отразил доходы от перевозки. Судя по оформленным им документом, он отразил договор, как посреднический и отразил, наверняка, только вознаграждение. А должен был в доходах отразить всю оплату с Вашей стороны. А оплата им соисполнителя - это его расходы... Но это оставим разбираться ему.
Для Вас Важно "закрыть" всю оплаченную сумму Актом и привязать её к транспортной накладной.
Цитата: Они предоставили нам УПД от своего имени на сумму вознаграждения
Это неправильно. Должны УПД на всё сумму оплаты.
Цитата: Отчет комитенту ,где наша организация указана как комитент, транспортная компания как комиссионер и акт оказания услуг,где перевозчик указан поставщиком,а транспортная компания заказчиком.
Это документы договора комиссии, а не Вашего...
Успехов!